그러나 지역유지들과 시민들만의 힘만으로는 대학발전이 어렵다는 판단을 했다. 이에 지역기업인 태화고무가 오산대학에 건물 2채를 지어주며 오산대학에 관여하게 되며, 이후 태화고무의 관계자들이 이사장을 맡으며 일반 사학으로 편입됐다.

그러나 오산대학은 시민들의 자주적 참여와 미래의 오산을 위해 준비한 대학을 설립한 취지와는 맞지 않게 사학특유의 부패와 이사장 전횡의 단면을 보여주기 시작했다. 지난 2005년 교육부 감사 결과 오산대학의 현 재단은 19억원의 교비를 횡령한 사실이 들어났다.

이사장 전용차를 학생들의 등록금으로 운영하고, 재단 직원의 급여조차 학교교비로 지불하는 등 도덕적으로나 법적으로 일어날 수 없는 일이 발생했으며, 여타의 다른 사립대학들이 저지른 교수임용에 따른 뇌물도 오갔다. 더욱 가관인 것은 이사장은 물론 이사들의 친인척까지도 오산대학교에 절차 없이 쉽게 취직을 했다. 그리고 오산대학의 비리에 대해 문제제기를 했던 교수들은 당연히 불이익을 받았다.

한편의 비리종합세트를 보여주었던 오산대학교가 잠시 잠잠해진 것은 2006년 관선이사가 파견 되면서 잠시 잠잠해졌다. 그러나 지난 2010년 사학분쟁조정위원회의 결정에 따라 구)재단의 인척이 다시 이사장으로 복귀하면서 또다시 오산대학이 시끄러워질 조짐을 보이고 있다.

최근 오산대학의 뷰티계열 교수들에 대한 징계를 보면 2명의 교수가 해임되고 4명의 교수가 중징계를 받았다. 징계 이유는 여러 가지가 있지만 해임을 당한 이들의 징계 이유는 학생선동과 동료교수의 비방에 있다고 한다.

그러나 해임당하지 않은 교수들이 저지른 업자로부터의 리베이트 수주 문제와 교재채택료를 수임한 교수들은 정직이라는 중징계를 받았을 뿐 학교에 계속해서 다닐 수 있게 됐다. 교수로써 도저히 해서는 안 될 리베이트 수주와 관련, 의혹을 사고 있는 교수는 “나만 받은 것이 아니다."라며 받은 사실을 인정했으며, 리베이트와 채택료를 모은 돈을 일 년 동안 보관하고 있다가 동료교수들이 문제제기를 하자 뒤늦게 장학금으로 학교에 제출하기까지 했다. 그런데 문제제기를 한 교수 2명이 학교 측으로부터 해임된 것이다.

또한 지난 2009년 교수들의 교재채택료 수임이 전국적인 사회문제로 발생해 보통의 대학 내에서 이런 일이 사라진 것으로 알려졌으나 오산대 뷰티계열에 일부 교수가 교재채택료를 받은 것이 확인되었다. 지난 2012년 해당학과에 근무 했었던 조교의 기록들이 알려지면서 원단위까지의 교재채택료 수임이 있었지만 돈을 받은 교수는 가장 가벼운 처벌을 받았으며, 문제제기를 한 교수는 거꾸로 학생선동이라는 명목으로 해임을 당했다. 이번 사태에 대해 대학 이사장이 깊게 관여 했다는 증언들이 조금씩 흘러나오고 있다.